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Jean-Christophe Lambry

Ingénieur de Recherche INSERM
Pièce : 02 2013 / 02 2016a
Tél : 01 69 33 50 43
fax : 01 69 33 50 84

jean-christophe.lambry at polytechnique.edu
                                               

Thèmes de recherche :

Simulations de la dynamique moleculaire des proteines.

Les protéines sont des macromolécules qui ont pour but d'assurer au sein des cellules tous les processus chimiques nécessaire à leur fonctionnement.

Une protéine peut être décrite par la position des atomes dont elle est constituée. Ces atomes sont soumis à différentes forces dont l'expression mathématique de l'énergie correspondante est simple dans l'approximation classique :

Interactions liées :

  • liaisons covalentes : $ \Large{ E_b = K_b (r - r_0)^2}$
     
  • liaisons angulaires : $ \Large{ E_{\theta} = K_{\theta} (\theta - \theta_0)^2}$
     
  • liaisons de torsion : $ \Large{E_{\phi} = K_{\phi} (1 + cos(n\phi - \delta))}$
     

Interactions non-liées :
 

 
  • interactions électrostatiques : \( \Large{ E_{elec} = \frac{1}{4\pi\varepsilon_0} \frac{q_1 q_2}{\varepsilon r}} \)
  • interactions de van der Walls : \( \Large{ E_{vdw} = \varepsilon_{ij} \left[ \left( \frac{R_{min \: ij}}{r_{ij}} \right)^{12} - 2\left( \frac{R_{min \: ij}}{r_{ij}} \right)^6 \right] } \)
     

La résolution numérique de l'équation de Newton ($ \large{\vec{F}=m\vec{\gamma}}$) permet de reconstruire la dynamique moléculaire de la protéine étudiée.