PDB
La Protein Data Bank est une base de données qui regroupe les assemblages moléculaires (protéines, ADN, ARN...) dont on connait la structure. A la date du 18 février 2021, la PDB contient 174826 entrées, toutes référencées par un code de quatre caractères (1 chiffre suivi de 3 caractères alpha-numériques ; par exemple le code 1MBC renvoie à la structure de la carboxy-myoglobine de cachalot).
Pour connaître la structure d'une molécule, c'est à dire la position de ses atomes dans l'espace tridimensionnel, on utilise des techniques expérimentales comme la diffraction à rayons X, la diffraction de neutron, la Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) ou la microscopie électronique.
Pour visualiser la structure d'une entrée de la PDB, on utilise un programme comme chimera : dans le menu "File", il suffit de sélectionner "Fetch by ID..." et d'indiquer le code PDB de la structure à visualiser (1MBC par exemple). Par défaut, chimera affiche la structure secondaire (hélice alpha, feuillet beta) et les cofacteurs (hème dans le cas de la myoglobine) ainsi que les acides aminés proches.