Le parcours de visite, divisé en cinq grands ensembles, se déploie sur toute la longueur de l’espace. Le parti pris général de médiation adopté est le questionnement.

Il y a tout au long du parcours du  Mus’X  des objets emblématiques qualifiés d’ « objets phares », répartis dans les différentes parties, qui font  l’objet d’une scénographie particulière, avec un cartel interactif pouvant faire résonner les thématiques historiques avec des questionnements contemporains.

Les objets phares sont des objets ou ensembles d’objets remarquables de par leur qualité d'exécution, leur histoire ou leur originalité.

- Espace d’accueil : microscope de Magny

- La mesure et les mathématiques : pourquoi et pour qui enseigner les sciences ? : Mètre étalon, litre et décalitre étalon, boussole de marine

- L’électricité et le magnétisme : comment enseigner les sciences ? Grande pierre d’aimant naturel et Balance électro-magnétique d’ A. Becquerel 

- l'acoustique : Tonomètre et violon de Savart

- L’optique, la chimie, la chaleur : la science ou les sciences ? L’appareil de Fizeau de mesure de vitesse de la lumière, le laboratoire de Gay-Lussac

- L’hydrostatique : sciences, guerres et paix et  les sciences en société : sciences et techniques en sociétés : le bureau de Freycinet