Le premier drapeau de l’Ecole polytechnique fut remis par l'Empereur Napoléon à l'élève François Arago le 15 décembre 1804.

Ce premier drapeau est lié à la militarisation de l’Ecole polytechnique la même année.

Le premier drapeau républicain fut remis à l'Ecole polytechnique en 1901 par Émile Loubet, président de la République.

Les drapeaux sont présentés à plat dans un meuble à drapeaux conçu spécialement pour le Mus’X et financé par la Direction de la formation humaine et militaire de l’Ecole polytechnique. La restauration des drapeaux a quant à elle été financée par l’Ecole polytechnique et par la SABIX, la société des amis du musée, de la bibliothèque et de l’histoire de l’Ecole polytechnique.